La plateforme aéroportuaire englobe environ 200 hectares d’espaces verts et de prairies naturelles. Les études de la faune et de la flore montrent que l'exploitation de l'aéroport a un impact sur l'état de ces milieux et incitent Genève Aéroport à prendre des mesures de protection appropriées.

Un manuel d’aménagement et de gestion paysagers a récemment été élaboré. Cet outil pratique a pour fonction de maintenir et favoriser la biodiversité, ainsi que d’accroître la valeur paysagère sur le site aéroportuaire et dans un périmètre élargi à ses alentours. Le manuel vise à assurer, sur le long terme, l'intégration de la dimension paysagère lors de la conception des nouvelles infrastructures sur le site et le maintien d’espaces verts de valeur ou de zones de détente de qualité, tant pour les passagers aériens que les employés du site.

Les connaissances sur la faune du site aéroportuaire se sont étendues grâce à un suivi régulier. Des données sur l’avifaune (oiseaux), les mammifères (lièvres, renards, musaraignes), les batraciens et les insectes sont répertoriées.

Pour des raisons de sécurité aérienne, la fréquentation du site aéroportuaire par la faune est sous la constante surveillance des agents de l'unité de Prévention du péril animalier, rattachée à la division Opérations de Genève Aéroport. Plus de 90 espèces d'oiseaux sont observées annuellement en présence continue, lors de visite occasionnelle ou d'un passage rare. Si nécessaire, les agents effarouchent les animaux qui représentent un danger pour les aéronefs.

Les recensements botaniques permettent de suivre l’évolution de la flore, inventoriée selon les milieux (secs ou humides) dans lesquels elle se développe. Plus de 210 espèces floristiques sont recensées, dont certaines comptent au nombre des espèces rares, voire en voie de disparition.

La biodiversité est favorisée par l'absence d'engrais dans les prairies. Toutefois, le but recherché n’est pas de faire du site aéroportuaire une zone de protection particulière.

                                      Orchis militaire (espèce vulnérable)

La fauche des espaces verts est définie dans un concept intégrant les impératifs opérationnels et de sécurité aérienne (intervention en cas d’incendie, prévention du péril aviaire) ainsi que les aspects environnementaux (maintien de la biodiversité, valorisation du produit de la fauche).

Selon les espaces verts considérés, la fauche peut être régulière (en fonction d’une hauteur d’herbe maximale), semestrielle (au printemps et en automne) ou annuelle (intervention après la mi-septembre seulement).