Les facteurs qui menacent la qualité du sol peuvent êtres directs (déversement accidentel de matières polluantes dans le sol) ou indirects (retombées des polluants atmosphériques).

En cas de déversement accidentel de matières polluantes, la division Sécurité de Genève Aéroport, cas échéant en collaboration avec le service cantonal spécialisé, est équipée de moyens permettant de confiner des déversements et limiter leur impact sur les sols.

Les retombées de polluants atmosphériques sur les sols sont déterminées par des campagnes de mesures effectuées tous les 3 à 5 ans. Des échantillons de sol sont prélevés à des distances fixes de la piste, puis analysés pour déterminer leurs concentrations en métaux lourds (cuivre, cadmium, plomb et zinc) et en composés organiques tels que les hydrocarbures aromatiques polycycliques (PAH) et les polychlorobiphényles (PCB).

L'Ordonnance sur les atteintes portées aux sols (OSol) fixe les valeurs limites de concentration en polluants dans les sols. Compte tenu de l’affectation des terrains de l’aéroport et de la géologie du sous-sol, les concentrations de polluants mesurées ne sont pas problématiques.

En collaboration avec l’Office fédéral de l’aviation civile (OFAC), Genève Aéroport a élaboré un cadastre des sites pollués de l'aéroport afin de répondre aux exigences légales en vigueur. Dans ce cadastre figurent les sites de stockage définitifs (décharges), les aires d'exploitations et les lieux d'accident. Aucun site à l'intérieur de l'enceinte aéroportuaire ne pose un problème particulier.

Les concentrations en cuivre sont moyennes à élevées, et d'autant plus importantes près de la piste. Le cuivre provient essentiellement de l'usure des garnitures de frein des avions.

Les concentrations des autres métaux lourds ne posent aucun problème majeur. Les teneurs constatées près de la piste ne nécessitent pas, en l’état actuel, de mesures d’assainissement. A l’instar des bords des axes routiers ou ferroviaires, la pollution par les métaux lourds est liée à la quantité de trafic et ne devrait pas connaître de baisse durant ces prochaines années.

Les composés organiques, présents en quantités variables au bord de la piste, peuvent résulter de la combustion incomplète des combustibles fossiles. Les derniers résultats d’analyse suggèrent qu’il n’y a quasiment pas de problèmes de contamination du sol par les hydrocarbures aromatiques polycycliques (PAH) et les polychlorobiphényles (PCB) à l’exception de sites ponctuels très limités. Les PCB étant aujourd'hui interdits d'utilisation, leur concentration ne devrait plus augmenter.