Le mouvement des avions lors des phases d'atterrissage et de décollage, les activités aéroportuaires, les infrastructures et le trafic routier environnant affectent la qualité de l'air. Les substances émises sont principalement du dioxyde de carbone (CO2), des oxydes d'azote (NOx), du monoxyde de carbone (CO), des composés organiques volatils (COV) et des particules fines. L'Ordonnance fédérale sur la protection de l'air (OPair) fixe une valeur limite d’immission pour certains polluants.

Depuis 1996, la station EOLE mesure la qualité de l’air en bordure de piste, à l’endroit où la poussée des réacteurs est maximale. Un système optique (Differential Optical Absorption Spectroscopy - DOAS) enregistre en continu les concentrations des principaux polluants atmosphériques. En 2004, un appareil à microbalance (Tapered Element Oscillating Microbalance – TEOM) qui mesure les concentrations en particules fines de diamètre inférieur à 10 µm (PM10) a été intégré à la station.

Le suivi des teneurs en dioxyde d'azote (NO2) est renforcé par un réseau de 16 capteurs passifs installés en 2003 dans l’enceinte de l’aéroport et en dehors, dans le prolongement de la piste.

Les immissions mesurées par la station EOLE sont intégrées au Réseau d'observation de la pollution de l'air à Genève (ROPAG) qui compte 8 stations fixes réparties dans le canton de Genève. Ces données, ainsi que celles issues du réseau de capteurs passifs, sont validées et exploitées par le Service de protection de l’air de l'État de Genève (SPAir).

Différentes mesures pour limiter voire réduire les émissions gazeuses sont prises à la source. Elles s'inscrivent sur le long terme dès lors qu'elles impliquent une évolution dans le mode de fonctionnement des acteurs du transport aérien ou un changement de comportement des usagers ou des personnels de l'aéroport. Genève Aéroport met en œuvre des actions adaptées aux sources de pollution considérées dans les domaines suivants:

• Incitation financière pour les compagnies aériennes
• Limitations des émissions sur le site aéroportuaire
• Trafic induit: promotion des modes de transports durables.

Depuis 1998, une surtaxe sur les émissions gazeuses est perçue auprès des compagnies aériennes pour les inciter à faire mouvement à Genève avec leurs avions les moins polluants. Les appareils sont répertoriés en classes en fonction de leur facteur d'émission (5 classes pour les moteurs à réaction et 5 classes pour les turbomoteurs). Les aéroports suisses et suédois ont été parmi les premiers à mettre en œuvre une telle surtaxe, qui s'ajoute aux autres redevances perçues (feuille de calcul).

Les recettes de la surtaxe sur les émissions gazeuses et de la surtaxe bruit alimentent le "fonds environnement" de Genève Aéroport affecté au financement des mesures de gestion de l’environnement.

Des systèmes fixes de fourniture d’électricité et d’air préconditionné équipent les 21 principales positions de stationnement d'avions. L'usage des moteurs auxiliaires embarqués est ainsi fortement limité, réduisant considérablement la pollution et le bruit des avions au sol.

Les véhicules moins polluants sont privilégiés lors du renouvellement du parc automobile. Une politique d'achat des véhicules est clairement définie pour Genève Aéroport, qui achète en moyenne 2 à 4 voitures électriques ou à moteur hybride (électrique-essence) par an.

Un ensemble de mesures visant à inciter les sociétés aéroportuaires à moderniser leur parc de véhicules est planifié dans les prochaines années.

Depuis 2008, le diesel distribué à l'aéroport inclut 5% de biodiesel produit en Suisse.

L'optimisation et le renouvellement des installations de chauffage et de production de froid permettent de limiter la consommation d’énergie et les émissions gazeuses.

Dans le cadre du renouvellement de sa concession fédérale d’exploitation, Genève Aéroport s’est engagé à mettre en œuvre une stratégie active de promotion des transports publics et de la mobilité douce (vélo, marche à pied) auprès des employés de l’aéroport, des passagers aériens et des visiteurs. Cette stratégie implique notamment une amélioration sensible de la desserte de l'aéroport par les transports publics et des mesures d’incitation efficaces.

Depuis 2002, Genève Aéroport agit en faveur des modes de transports durables (transports publics et mobilité douce) dans le cadre de son plan de mobilité des personnels de l’aéroport, avec la collaboration d'Unireso et des Chemins de Fer Fédéraux (CFF). Les employés des instances et sociétés établies sur le site aéroportuaire peuvent notamment bénéficier d’abonnements de transports publics à tarifs réduits et utiliser un service de navettes gratuites (NPA) opérant tôt le matin et tard le soir. La mobilité douce est favorisée par des infrastructures adéquates et des actions promotionnelles. Les abonnements de parking sont attribués aux employés du site aéroportuaire selon des critères stricts et leurs tarifs sont progressivement augmentés. Le bilan de ces mesures est encourageant et met en évidence une progression d'utilisation des modes de transports durables.

Genève Aéroport favorise également l'usage des transports publics par les passagers aériens en leur proposant différentes offres. Notamment, les passagers arrivant à l'aéroport peuvent emprunter gratuitement les bus, trams, trains et bateaux à Genève pendant 80 minutes.

Les mesures et actions incitatives à l'attention des personnels de l'aéroport et des passagers aériens seront renforcées et complétées dans les années à venir.

En 2009, le plan de mobilité de l'aéroport a été récompensé par deux prix: le Prix européen des plans de mobilité, décerné par l'EPOMM (European Platform on Mobility Management) ainsi que le Prix suisse de l'entreprise cyclophile primant les entreprises suisses pour leurs actions en faveur du vélo.