Environ 140 hectares, sur les 340 couverts par le site aéroportuaire, sont des surfaces imperméables (piste, tarmac et bâtiments). Celles-ci génèrent d’importantes quantités d’eaux de ruissellement qu’il convient de maîtriser tant d’un point de vue qualitatif que quantitatif, avant leur rejet dans le Rhône ou le lac Léman.

Les eaux pluviales se chargent des substances répandues sur le sol. Deux catégories de produits doivent être particulièrement contrôlées: les hydrocarbures répandus accidentellement et les produits utilisés en hiver pour déglacer la piste et dégivrer les avions.

L'impact des déversements accidentels d'hydrocarbures sur le milieu naturel est réduit par 11 séparateurs qui retiennent les hydrocarbures et les matières solides provenant des aires de trafic.

Le réseau d'évacuation des eaux de pluie est en cours d'amélioration afin d'éliminer l'impact des produits de dégivrage sur les eaux de surface.

Les eaux usées du site aéroportuaire proviennent des installations sanitaires, de la vidange des toilettes des avions, du lavage et de la réparation des avions et véhicules, des cuisines et restaurants ainsi que des différents ateliers techniques.

Ces eaux souillées sont prétraitées sur place si nécessaire, puis amenées par le réseau de canalisations jusqu’à une station d’épuration du canton de Genève. Genève Aéroport ne dispose pas de sa propre installation de traitement des eaux dans la mesure où la capacité de l’installation cantonale permet de traiter, dans les meilleures conditions, tous les effluents du site aéroportuaire.

Sous les aires de mouvement de l'aéroport se trouve une nappe d'eau souterraine profonde. Celle-ci est protégée des infiltrations d'eaux de surface par une couche de terrain peu perméable de près de 30 m d'épaisseur qui réduit les risques de pollution de la nappe par les activités aéroportuaires.

Un Plan général d’évacuation des eaux (PGEE), outil de gestion et de planification de l’ensemble du système d'assainissement de l'aéroport, est en cours d'élaboration.

Ce plan a pour principaux objectifs de rendre compte de manière détaillée de l’état des canalisations existantes, de respecter les exigences légales en matière de protection des eaux et de dimensionner les nouvelles canalisations en fonction du développement de l’aéroport. Les résultats seront intégrés directement au système d'information du territoire de l'aéroport de Genève.