Dès les années '70, un ensemble de procédures d'approche, d'atterrissage et de décollage a été conçu et périodiquement révisé en vue de limiter le nombre de personnes touchées par les émissions de bruit des aéronefs. Ces procédures à moindre bruit portent sur les trajectoires des avions mais également sur l'emploi de divers dispositifs influant sur le niveau sonore (usage des inverseurs de poussée après l'atterrissage par exemple).

Bien que l'aéroport doive être ouvert en permanence conformément à la concession fédérale d'exploitation, le trafic entre 22h et 6h est strictement limité. Les vols de nuit sont réglementés par les articles 39 et 39a de l’Ordonnance sur l’infrastructure aéronautique (OSIA).

Les mouvements de vols non commerciaux sont interdits entre 22h et 6h.

Entre 22h et minuit, sont autorisés:
1. les décollages des vols commerciaux d’une distance de plus de 5'000 km sans escale avec des avions dont les émissions ne dépassent pas l’indice de bruit 98;
2. les décollages des vols commerciaux avec des avions dont les émissions ne dépassent pas l’indice de bruit 96;
3. les atterrissages des vols commerciaux.

Aucun vol n'est programmé entre minuit et 6h, seuls sont autorisés les vols de recherche et de sauvetage, des vols d’ambulance et de police, les vols de secours en cas de catastrophe, les vols d’avions militaires suisses et les vols d’aéronefs d’Etat autorisés par l’Office fédéral de l'aviation civile (OFAC).

La proportion de vols de nuit (entre 22h et 6h) reste faible (4% des mouvements totaux). Les atterrissages représentent plus de 80% des mouvements entre 22h et minuit.

Entre 1998 et 2004, les 21 principales positions de stationnement d'avions ont progressivement été équipées avec des systèmes fixes de fourniture d'électricité et d'air préconditionné. La pollution et le bruit des avions au sol sont ainsi sensiblement réduits suite à la limitation de l'utilisation des moteurs auxiliaires embarqués.

Des ouvrages anti-bruit ont été mis en place pour limiter la propagation des nuisances sonores. Depuis 1985, les essais moteurs pour tous les avions de petite taille se font exclusivement dans un amortisseur de bruit. Deux buttes de terre (du côté de la douane de Ferney-Voltaire et en direction du quartier de la Citadelle de Meyrin) ainsi qu'un mur anti-bruit ceinturant partiellement le centre d'aviation générale limitent le bruit des avions circulant au sol. Côté ville, les bâtiments aéroportuaires (aérogare, hangars, Centre Swissair-IATA) et les halles de Palexpo forment un écran anti-bruit pour certains quartiers des communes du Grand-Saconnex, de Meyrin et de Vernier.